男女的外生殖器官皮肤皱襞多，容易成为“藏污纳垢”之所，再加上外阴部常分泌液体，并且可能存在尿、粪残存物及女性阴道分泌物，在不透风的情况下容易形成有利于病原体繁殖的环境。因此，不进行必要的清洁卫生就进行口交，会给双方健康带来潜在的威胁。口交除了可以传播一般的性传播疾病外，还特别容易感染粪??口途径传播的消化道疾患，例如阿米巴病、沙门菌病、病毒性肝炎、志贺菌病等。所以，口交者既要懂得保护自己，也要注意保护对方。
对于身体健康者来说，口交是绝对不会传染疾病的。但对于患有性传播疾病的人来说，从微生物学的角度看，口交可导致口腔的菌群失调、微生态失衡，从而引起口腔、咽部及消化系统疾病，尤其是在进行接吻、口交、阴道性交等多种性行为交替进行后的危害更加严重。即使对方没有感染性疾病，但口腔黏膜有破损之处，哪怕是非常微小的破损，也不应该进行口交。因为人的口腔是细菌最多的部位之一，而一般人多患有龋齿或牙龈炎，病原体容易从牙龈炎的伤口进入而引发急性感染，造成严重后果。口交作为性活动的一种方式同其他性交方式一样，必须讲究性卫生。仔细地沐浴和清洗生殖器会减少细菌的生存机会，并且要有固定的性伴侣，排斥多性伴乱交，正确把握口交的对象。