隐匿性阴茎的治疗方法和包皮过长的治疗方法完全不同，后者要切除过长的包皮(即包皮环切术)，而隐匿阴茎的治疗方法则要做包皮口扩大进而延长阴茎皮肤的手术。孩子阴茎短小，有真假之分，真性阴茎短小症常见有真、假两性畸形、阴茎缺如和真性阴茎短小症三种。假性阴茎短小以隐匿性阴茎最为多见。
隐匿性阴茎是一种常见的先天发育异常和畸形性疾病，和小儿包皮过长或包茎是有区别的。大家知道，男婴出生后，阴茎包皮总是包绕着阴茎头，到了3-4岁时，大部分儿童的包皮能自行上翻，阴茎头外露。如果此时包皮仍不能上翻或包皮口很细小，才称之为包皮过长或包茎。隐匿者，其阴茎体缩藏于体内，凸出外面的只有尖尖的小包皮。如果用手将阴茎皮肤向内挤压，阴茎体就会显露出来，但手稍一放开，阴茎体又回缩了。因此，有人把它叫做埋藏式阴茎。隐匿阴茎尽管其外形酷似包皮过长，然而它们却是两种完全不同的疾病，这是因为隐匿性阴茎的外层皮肤不是过长，而是太短，其阴茎体并不小而是正常的。它的发生原因有三种，其一、阴茎皮肤发育不良、过短;其二、包皮腔过小;其三、阴茎皮肤没有包着阴茎海绵体，导致阴茎海绵体无支撑而回缩体内。隐匿性阴茎如果不做手术，任其长此隐匿，不能外伸，阴茎体发育就会受到限制。因此，隐匿阴茎一定要在一定年龄内(3-5岁)给予矫治。
隐匿性阴茎的治疗方法和包皮过长的治疗方法完全不同，后者要切除过长的包皮(即包皮环切术)，而隐匿阴茎的治疗方法则要做包皮口扩大进而延长阴茎皮肤的手术，而且，还要把阴茎海绵体从肚子里“牵”出来，加以良好固定，以使阴茎恢复正常的生理解剖形态，从而达到有利于阴茎发育的目的。然而，如果把隐匿性阴茎误诊为包皮过长而施行包皮环切手术的话，结果将导致本来就短缺的阴茎皮肤变得更加短缺，而且，术后的阴茎海绵体一旦失却了皮肤的附着和保护，阴茎体发育就会越发受到抑制。
因此，患有阴茎短小症的儿童，家长一定要把他带到设有小儿外科的医院去就诊，让小儿外科医师检查，确诊，以便选择正确的手术方法，以免误诊误治。